2029년, 세계 각지에서 갑자기 원인을 알 수 없는 원소소실 현상이 시작된다. 이로 인해 지구의 생물과 무생물이 하나 둘씩 사라지고 지진과 쓰나미가 일어나는 등 지구는 대혼란에 휩싸인다.

  그로부터 60년 후, 사라진 원소들이 또 다른 지구 “네거 어스(nega-earth)”에 있으며 그곳에 신종 몬스터 QEX가 나타나 지구를 위협하는 것을 알게 된다. 이에 국제연방정부는 13세 이하의 아이들로 구성된 『엘리먼트 헌터』를 결성한다. 이들은 QEX 몬스터를 물리치고 원소를 회수하는 미션을 수행하기 위해 네거 어스로 향하는데.. 『엘리먼트 헌터』는 무사히 지구를 구할 수 있을까?